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Dans une petite maison du passage Tenaille, à Montrouge, vit Procas, un bactériologiste à la santé fragile, au visage bleuâtre, solitaire, accompagné d'un seul ami: le chien Mami. Quand un enfant, le petit Maurice, disparaît, le quartier cherche un coupable. Entre rumeurs, "preuves" fabriquées et articles de presse, la haine se cristallise. Le gros Nestor, Barouillet et l'agent d'affaires Bezombes excitent la foule, jusqu'à l'agression et à la mort de Mami. Brisé, Procas glisse vers une vengeance scientifique. Dans son laboratoire, il prépare un bacille et parvient à contaminer l'eau: l'épidémie éclate au coeur de Paris. Hommes, femmes et enfants s'effondrent; les ambulances sillonnent la ville, tandis que la panique gagne.
Mais au moment où ses accusateurs viennent enfin reconnaître leur erreur - Maurice a reparu, enlevé par des saltimbanques - le remords envahit Procas. Peut-il laisser mourir une population qui ne demande plus qu'à se faire pardonner? Il songe à tout avouer au commissaire, à faire arrêter les eaux, puis à boire le cyanure de potassium. Roman de suspense et de foule, Le bacille mêle enquête de quartier, mécanique de la rumeur et menace biologique, jusqu'à un dénouement tendu où la science devient arme, puis fardeau.